LEÍRÁS
A történet a Yu-Gi-Oh 3. évada (Battle City Tournament – Alkatraz) után játszódik, melyben Motou Yugi legyőzte Kaiba Seto-t és Malik Isthart, ezzel megszerezve a három egyiptomi istenkártyát: Obeliszket, Ozíriszt és Rá-t, és megnyerte a Párbajkártya Királya címet.
A film cselekménye viszont nem tartozik bele az eredeti sorozat cselekményszálába, attól különböző. A történet szerint, mikor Yugi megoldotta az Ezeréves Kirakó rejtélyét, akkor a Fáraó (Mou Hitori No Yugi, Other Yugi) mellett egy gonosz isten, Anubisz is feltámadt hamvaiból, és azon nyomban katasztrófát is okozott egy ásatáson. Domino városban egy egyiptomi kiállítás nyílik, közvetlenül a Battle City torunament befejezése után, ahol bemutatják Anubisz múmiáját, és egy a Fény piramisának nevezett tárgyat, ami nagyon hasonlít Yugi Ezeréves Kirakójához.
Eközben Kaiba Seto nem nyugszik bele a vereségébe, és mindenáron meg akarja találni a módszert, hogy egyszerre legyőzhesse Yugi istenkártyáit. Ezért a Párbajkártya megalkotójához, Pegazushoz fordul, akitől egy párbaj során szerez is két kártyát. A Párbajszigetről azonnal visszatér Domino Citybe, és kihívja Yugit egy párbajra, amely párbaj – mint általában – az egész világ sorsáról dönthet.