LEÍRÁS
A sorozat első felében a Himawari, Hayato, Azumi és a lányok kapnak egy-egy részt, amiben megismerhetjük a múltjuk egy darabját. Eközben az idegen fickók, akik lerombolták a fiúk számára fenntartott nindzsa akadémiát, előszeretettel küldenek ellenük változatos képességű nindzsákat. Például egy zöld színű, rágógumit zabáló nindzsát; egy nőt, aki repülő mókussá változik, ha meglátja a gőzölgő okonomijyakit (japán étel); egy zöldes, gombatestű lényt; apró méretű nindzsákat, akik képesek behatolni a lelkedbe és belülről elpusztítani, vagy egy tömeghipnózisra szakosodott nindzsa nőt. Minden egyes részben apró morzsákat kapunk az ellenségről és szándékaikról. Nem tisztázott Takechi-sensei - akinek a valódi kilétét senki sem ismeri - hűsége. Ő volt az, aki az első évad első részében kimentette Himawarit a lezuhanó repülőgépből. Nem tudni, vajon kinek az oldalán áll: a lányokén vagy az ellenségén.
Újra felbukkannak az első évadból ismert vendégszereplők is: Nanafushi, Komurasaki-kun, Tsubaki-san, a Főnök kis segítőtársaival, Wabisekével és Sabisukével...
Természetesen fény derül arra, miért tűntek el a diákok, tanárok és kinek milyen szerepe volt ebben.